A história dos portos brasileiros começa no início da Colônia, no local onde os portugueses, em 1549, fundariam a Capital dos seus domínios na América. Salvador nasce, então, como consequência das excelentes condições portuárias da Baía de Todos os Santos, se tornando durante dois séculos, o principal destino das embarcações que cruzavam o Atlântico na rota comercial entre o Novo e o Velho Mundo.

Um conjunto de trapiches e pequenos ancoradouros em pontos diversos formava a estrutura portuária da capital baiana até que, em 13 de maio de 1913, o então governador José Joaquim Seabra inaugurou o porto organizado, a partir do aterramento de uma extensa faixa do bairro do Comércio. O Porto de Salvador, reconhecido na época como uma das grandes obras de infraestrutura do País.

Hoje, o Porto de Salvador desempenha um papel decisivo para a economia baiana, se destacando na movimentação de contêineres, cargas gerais, trigo, celulose e frutas, beneficiado, entre outros fatores, por sua posição estratégica em relação ao Continente Europeu e o Mercosul. Sua área de influência inclui, além da Bahia, o norte de Minas Gerais, Sergipe, Alagoas, Pernambuco, Paraíba, Rio Grande do Norte e Ceará. É também um dos principais destinos das rotas de cruzeiros marítimos do litoral brasileiro.

Nos últimos anos, o Porto de Salvador tem recebido substanciais investimentos na sua infraestrutura, a exemplo da Via Expressa, que o interliga a BR-324, a dragagem do seu canal de acesso, a construção do novo terminal marítimo de passageiros e a modernização,  compra de novos equipamentos para o Terminal de Contêineres e modernização da estrutura de recepção de trigo.

Assim como os personagens de Jorge Amado, o Porto Organizado de Ilhéus tem a sua história vinculada ao ciclo do cacau. Ainda no século XIX, a necessidade de tornar mais eficiente o escoamento da produção da região resultou na construção do ancoradouro na foz do Rio Cachoeira.

Em 17 de maio de 1920, numa parceria entre o Município e a inciativa privada, foram realizadas obras que transformaram o antigo ancoradouro no primeiro porto de Ilhéus. Cinquenta e um anos depois, com o assoreamento do Cachoeira, foi inaugurado o novo porto, na Ponta do Malhado, o primeiro em alto mar construído no Brasil. Em 1977, com a criação da Companhia das Docas da Bahia, o porto foi incorporado à administração da empresa.

Nas últimas décadas, com o declínio da cultura cacaueira, o Porto de Ilhéus ganhou um novo perfil, buscando ampliar a sua área de influência, atraindo cargas diversas e de várias regiões da Bahia e de outros Estados.

Hoje, além do cacau, a sua pauta de movimentação de cargas inclui soja, milho, amêndoas, óxido de magnésio, concentrado de níquel, peças industrializadas e carga geral. Também atua como operador turístico, obtendo nos últimos anos um expressivo crescimento dessa atividade.